En del ädel- och prydnadsstenar har organiskt ursprung. Bärnsten, pärlor, elfenben och korall är sådana stenar.
Bärnsten är ett fossilt stelnat harts från en tall, bildat för ca 50 miljoner år sedan.
Pärlor är en produkt från i första hand musslor och ytterst sällan från snäckor.
Elfenben var ursprungligen material från elefantbetar men idag kallar man också
tänder från bl.a. kaskelot, vildsvin och flodhäst för elfenben.
tänder från bl.a. kaskelot, vildsvin och flodhäst för elfenben. 
Koraller bildar för det mesta rev och korallbankar med förgrenade stammar. Det är de sista utväxterna på dessa som man vanligtvis använder till smyckestenar.
